Skip to content

GitLab

Commit a5780f65 authored by Blake Sweeney's avatar Blake Sweeney
Browse files

Update database versions

parent 9dc5484a
Hide whitespace changes
Inline Side-by-side
Showing with 79 additions and 24 deletions
rnacentral/portal/config/expert_databases.py
View file @ a5780f65
......@@ -66,8 +66,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': 'as of 7 June 2021',
'version': 'as of 3 Sept 2021',
},
{
'name': 'PDBe',
'label': 'pdbe',
......@@ -91,8 +92,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': 'as of 17 May 2021',
'version': 'as of 3 Sept 2021',
},
{
'name': 'FlyBase',
'label': 'flybase',
......@@ -116,8 +118,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': 'FB2021_03',
'version': 'FB2021_04',
},
{
'name': 'Ensembl',
'label': 'ensembl',
......@@ -146,9 +149,10 @@ expert_dbs = [
}
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'status': '',
'version': '104',
},
{
'name': 'Ensembl Plants',
'label': 'ensembl_plants',
......@@ -171,9 +175,10 @@ expert_dbs = [
},
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'status': '',
'version': '51',
},
{
'name': 'Ensembl Fungi',
'label': 'ensembl_fungi',
......@@ -196,9 +201,10 @@ expert_dbs = [
},
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'status': '',
'version': '51',
},
{
'name': 'Ensembl Metazoa',
'label': 'ensembl_metazoa',
......@@ -221,9 +227,10 @@ expert_dbs = [
},
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'status': '',
'version': '51',
},
{
'name': 'Ensembl Protists',
'label': 'ensembl_protists',
......@@ -246,9 +253,10 @@ expert_dbs = [
},
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'status': '',
'version': '51',
},
{
'name': 'Ensembl/GENCODE',
'label': 'ensembl_gencode',
......@@ -271,9 +279,10 @@ expert_dbs = [
},
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'status': '',
'version': 'human 38/mouse M27',
},
{
'name': 'Rfam',
'label': 'rfam',
......@@ -299,6 +308,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '14.2',
},
{
'name': 'miRBase',
'label': 'mirbase',
......@@ -330,6 +340,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '22.1',
},
{
'name': 'Vega',
'label': 'vega',
......@@ -361,6 +372,7 @@ expert_dbs = [
'status': 'archived',
'version': 'release 65',
},
{
'name': 'tmRNA Website',
'label': 'tmrna-website',
......@@ -392,6 +404,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'SRPDB',
'label': 'srpdb',
......@@ -423,6 +436,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'lncRNAdb',
'label': 'lncrnadb',
......@@ -448,6 +462,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'GtRNAdb',
'label': 'gtrnadb',
......@@ -476,9 +491,10 @@ expert_dbs = [
},
],
'imported': True,
'status': '',
'version': '2.1',
'status': 'updated',
'version': 'release 19',
},
{
'name': 'RefSeq',
'label': 'refseq',
......@@ -502,8 +518,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': '205', # ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/RELEASE_NUMBER
'version': '208', # ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/RELEASE_NUMBER
},
{
'name': 'RDP',
'label': 'rdp',
......@@ -529,6 +546,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'CRW',
'label': 'crw',
......@@ -554,6 +572,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'HGNC',
'label': 'hgnc',
......@@ -583,8 +602,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': 'as of 17 May 2021',
'version': 'as of 3 Sept 2021',
},
{
'name': 'Greengenes',
'label': 'greengenes',
......@@ -610,6 +630,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '13.5',
},
{
'name': 'LncBase',
'label': 'lncbase',
......@@ -635,6 +656,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': 'v2',
},
{
'name': 'LNCipedia',
'label': 'lncipedia',
......@@ -660,6 +682,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '5.2',
},
{
'name': 'Modomics',
'label': 'modomics',
......@@ -685,6 +708,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'NONCODE',
'label': 'noncode',
......@@ -710,6 +734,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': 'NONCODE2016',
},
{
'name': 'NPInter',
'label': '',
......@@ -724,6 +749,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'piRBase',
'label': 'pirbase',
......@@ -746,9 +772,10 @@ expert_dbs = [
},
],
'imported': True,
'status': 'New',
'status': '',
'version': '2.0 (only sequences matching existing RNAcentral accessions have been imported)'
},
{
'name': 'PLncDB',
'label': 'plncdb',
......@@ -770,6 +797,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'PomBase',
'label': 'pombase',
......@@ -793,8 +821,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': 'as of 17 May 2021',
'version': 'as of 02 Sept 2021',
},
{
'name': 'RNApathwaysDB',
'label': '',
......@@ -809,6 +838,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'SILVA',
'label': 'silva',
......@@ -831,9 +861,10 @@ expert_dbs = [
},
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'status': '',
'version': 'r138.1',
},
{
'name': 'SGD',
'label': 'sgd',
......@@ -857,8 +888,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': 'as of 27 April 2021',
'version': 'as of 03 Sept 2021',
},
{
'name': 'snOPY',
'label': 'snopy',
......@@ -884,6 +916,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'snoRNA Database',
'label': 'snorna_database',
......@@ -933,6 +966,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'sRNAmap',
'label': '',
......@@ -947,6 +981,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'TarBase',
'label': 'tarbase',
......@@ -972,6 +1007,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': 'v8',
},
{
'name': 'tmRDB',
'label': '',
......@@ -986,6 +1022,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'tRNAdb',
'label': '',
......@@ -1001,6 +1038,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'WormBase',
'label': 'wormbase',
......@@ -1026,6 +1064,7 @@ expert_dbs = [
'status': 'updated',
'version': 'WS270',
},
{
'name': 'MGI',
'label': 'mgi',
......@@ -1051,6 +1090,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': 'MGI 6.10',
},
{
'name': 'RGD',
'label': 'rgd',
......@@ -1076,6 +1116,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': 'as of March 2018',
},
{
'name': 'TAIR',
'label': 'tair',
......@@ -1101,6 +1142,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': 'TAIR10',
},
{
'name': 'dictyBase',
'label': 'dictybase',
......@@ -1126,6 +1168,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': '5SrRNAdb',
'label': '5srrnadb',
......@@ -1150,6 +1193,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '17',
},
{
'name': 'miRTarBase',
'label': 'mirtarbase',
......@@ -1171,6 +1215,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'LncBook',
'label': 'lncbook',
......@@ -1196,6 +1241,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '1.0',
},
{
'name': 'ZWD',
'label': 'zwd',
......@@ -1219,8 +1265,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': '1.1',
'version': '1.2',
},
{
'name': 'snoDB',
'label': 'snodb',
......@@ -1246,6 +1293,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '1.1.0',
},
{
'name': 'MirGeneDB',
'label': 'mirgenedb',
......@@ -1271,6 +1319,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '2.0',
},
{
'name': 'MalaCards',
'label': 'malacards',
......@@ -1294,8 +1343,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': '5.2',
'version': '5.5',
},
{
'name': 'GeneCards',
'label': 'genecards',
......@@ -1319,8 +1369,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': '5.2',
'version': '5.5',
},
{
'name': 'CRS',
'label': 'crs',
......@@ -1345,6 +1396,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '2.1',
},
{
'name': 'IntAct',
'label': 'intact',
......@@ -1368,8 +1420,9 @@ expert_dbs = [
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'version': 'as of 17 May 2021',
'version': 'as of 03 Sept 2021',
},
{
'name': 'ZFIN',
'label': 'zfin',
......@@ -1392,9 +1445,10 @@ expert_dbs = [
},
],
'imported': True,
'status': 'updated',
'status': '',
'version': 'as of 22 April 2021',
},
{
'name': 'snoRNA Atlas',
'label': 'snoatlas',
......@@ -1409,6 +1463,7 @@ expert_dbs = [
'status': '',
'version': '',
},
{
'name': 'PSICQUIC',
'label': 'psicquic',
......@@ -1431,7 +1486,7 @@ expert_dbs = [
}
],
'imported': True,
'status': 'new',
'version': '',
'status': 'New',
'version': 'as of 03 Sept 2021',
}
]
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment