# readtools
## ENA read tools

#### Typical cramtools usage in processing:

* cram dump:
java -XX:+UseSerialGC -Xmx10G -Dsamjdk.use_cram_ref_download=true -Djava.io.tmpdir="/var/tmp" -cp readtools.jar uk.ac.ebi.ena.readtools.cram.CramTools fastq --reverse --gzip $@
* cram stats:
java -XX:+UseSerialGC -Xmx4G -cp readtools.jar uk.ac.ebi.ena.readtools.cram.CramTools bam -c -F 2304 -I $@