Commit 53540496 authored by Sayed Rzgar Hosseini's avatar Sayed Rzgar Hosseini
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Update Script06.R

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### Fitnes genes :
Fitness<-read.csv("./Tables/Table15.csv")
FitnessGenes<-as.character(Fitness[,1])
......@@ -14,14 +13,14 @@ LargeIntestine<-(c(28,38,39,40,41,52,80,90,94,95,109,126,157,159,160,161,162,163
Colon_Fitness<-FitnessValues[,LargeIntestine]
SEL<-which(apply(Colon_Fitness,1,sum)>0)
Colon_FitGenes<-FitnessGenes[SEL]
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## Excluding the Core-essential genes; Excluding the context essential genes, and Excluding the non-expressed genes
Candidate_Breast<-read.csv("./Tables/Table8.csv")$x
Candidate_Colorectal<-read.csv("./Tables/Table9.csv")$x
Breast_FitGenes<-intersect(Breast_FitGenes,Candidate_Breast)
Colon_FitGenes<-intersect(Colon_FitGenes,Candidate_Colorectal)
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## Considering genes with Tractability II
Tractability_Breast<-read.csv("./Tables/Table16.csv")
Tractability_Colorectal<-read.csv("./Tables/Table17.csv")
......@@ -29,7 +28,8 @@ Tractability_Colorectal<-read.csv("/Users/rzgar/Desktop/alaki.csv")
Breast_FitGenes<-intersect(Tractability_Breast$Symbols[which(Tractability_Breast$Bucket==2)],Breast_FitGenes) #Breast fitness genes, Tractability group II
Colon_FitGenes<-intersect(Tractability_Colorectal$Symbols[which(Tractability_Colorectal$Bucket==2)],Colon_FitGenes) #Colorectal fitness genes, Tractability group II
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# Note that the final lists of finess genes with Tractability group II generated by the above code and data slightly differs from the final list that I have produced and the reason is because this analysis was part of library I which I performed more than 8 months before finalizing libraries II and III and hence I used an older versions of the Open-Targets associated genes (Tables 8 and 9) and Tractability buckets (Tables 16 and 17). The difference is not dramatic and only it pertains to a handful of genes.
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