Commit 74760bfc authored by Sayed Rzgar Hosseini's avatar Sayed Rzgar Hosseini
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Update Script07.R

parent 6b73869a
######################################################################################################################################################################################################### Expression Analysis:
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### Fitnes genes :
Fitness<-read.csv("./Tables/Table15.csv")
......@@ -14,18 +14,19 @@ LargeIntestine<-(c(28,38,39,40,41,52,80,90,94,95,109,126,157,159,160,161,162,163
Colon_Fitness<-FitnessValues[,LargeIntestine]
SEL<-which(apply(Colon_Fitness,1,sum)>0)
Colon_FitGenes<-FitnessGenes[SEL]
######################################################################################################################################################################################################
###############################################################################################################################################################
## Excluding the Core-essential genes; Excluding the context essential genes, and Excluding the non-expressed genes
Candidate_Breast<-read.csv("./Tables/Table8.csv")$x
Candidate_Colorectal<-read.csv("./Tables/Table9.csv")$x
Candidate_Breast<-read.csv("./Tables/Table8.csv")$x # This table was generated by the Script00.R, which performs all the above exclusions
Candidate_Colorectal<-read.csv("./Tables/Table9.csv")$x # This table was generated by the Script00.R, which performs all the above exclusions
Breast_NOFitGenes<-setdiff(Candidate_Breast,Breast_FitGenes) # Excluding the fitness genes as well
Colon_NOFitGenes<-setdiff(Candidate_Colorectal,Colon_FitGenes) # Excluding the fitness genes as well
######################################################################################################################################################################################################breast_set5.2<-read.csv("/Users/rzgar/Desktop/Research/ENCORE_MEETING/BREAST1/Library_Prep/SET5.2.csv")
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## Considering genes with Tractability II
Tractability_Breast<-read.csv("./Tables/Table16.csv")
Tractability_Colorectal<-read.csv("./Tables/Table17.csv")
Breast_FitGenes<-intersect(Tractability_Breast$Symbols[which(Tractability_Breast$Bucket==1)],Breast_NOFitGenes) #Breast fitness genes, Tractability group II
Colon_FitGenes<-intersect(Tractability_Colorectal$Symbols[which(Tractability_Colorectal$Bucket==1)],Colon_NOFitGenes) #Colorectal fitness genes, Tractability group II
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\ No newline at end of file
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