Commit 9304f90b authored by Sayed Rzgar Hosseini's avatar Sayed Rzgar Hosseini
Browse files

Upload New File

parent fb06a9ee
#########################################################################################################################################################################################################
#######################################################################################################################
### Fitnes genes :
Fitness<-read.csv("./Tables/Table15.csv")
FitnessGenes<-as.character(Fitness[,1])
FitnessValues<-Fitness[,2:326]
# Breast
Breast<-(c(19,44,70,84,85,87,88,89,91,102,122,169,171,172,173,174,179,225,323,32,86,92,170,307,175)-1)#Indices of Triple-Negative Breast cancer cell lines
Breast_Fitness<-FitnessValues[,Breast]
SEL<-which(apply(Breast_Fitness,1,sum)>0)
Breast_FitGenes<-FitnessGenes[SEL]
#Colorectal
LargeIntestine<-(c(28,38,39,40,41,52,80,90,94,95,109,126,157,159,160,161,162,163,176,258,262,290,291,292,293,302,303,304,305,308)-1)#Indices of Colorectal cancer cell lines
Colon_Fitness<-FitnessValues[,LargeIntestine]
SEL<-which(apply(Colon_Fitness,1,sum)>0)
Colon_FitGenes<-FitnessGenes[SEL]
######################################################################################################################################################################################################
## Excluding the Core-essential genes
Core_Essential<-read.csv("./Tables/Table5.csv") #List of core essential genes
CORE_ESS<-as.character(Core_Essential$gene[which(Core_Essential$ADaM_Core==TRUE)])
Breast_FitGenes<-setdiff(Breast_FitGenes,CORE_ESS) #Excluding the core essential genes
Colon_FitGenes<-setdiff(Colon_FitGenes,CORE_ESS) # Excluding the core essential genes
######################################################################################################################################################################################################
## Excluding the context-essential genes
context_breast<-read.csv("./Tables/Table6.csv") # set of context-specific (colorectal) genes (output of Cen-Tools)
context_colorectal<-read.csv("./Tables/Table7.csv") # set of context-specific (breast) genes (output of Cen-Tools)
Breast_FitGenes<-setdiff(Breast_FitGenes,context_breast) #Excluding the core essential genes
Colon_FitGenes<-setdiff(Colon_FitGenes,context_colorectal) # Excluding the core essential genes
#########################################################################################################################################################################################################
RNASeq<-read.csv("./Tables/Table3.csv") # Expression profiles of Breast cancer cell lines
RNAval<-apply(matrix(as.numeric(as.matrix(RNASeq[4:37282,3:17])),nrow=37279,ncol=15),1,sum,na.rm=TRUE)
breast_NONexpressed<-as.character(RNASeq[(which(RNAval==0)+3),2])
Breast_FitGenes<-setdiff(Breast_FitGenes,breast_NONexpressed)
RNASeq2<-read.csv("./Tables/Table4.csv") # Expression profiles of Colorectal cancer cell lines
colon_NONexpressed<-RNASeq2[which(apply(RNASeq2[,3:27],1,sum,na.rm=TRUE)==0),2]
Colon_FitGenes<-setdiff(Colon_FitGenes,colon_NONexpressed)
######################################################################################################################################################################################################
Tractability_Breast<-read.csv("./Tables/Table16.csv")
Tractability_Colorectal<-read.csv("./Tables/Table17.csv")
Breast_FitGenes<-intersect(Tractability_Breast$Symbols[which(Tractability_Breast$Bucket==1)],Breast_FitGenes)
Colon_FitGenes<-intersect(Tractability_Colorectal$Symbols[which(Tractability_Colorectal$Bucket==1)],Colon_FitGenes)
######################################################################################################################################################################################################
Associated_Breast<-read.csv("./Tables/Table1.csv") # Original list of Open Targets Associated Breast cancer genes
Associated_Colorectal<-read.csv("./Tables/Table2.csv") # Original list of Open Targets Associated Colorectal cancer genes
Breast_Genes<-Associated_Breast$target.gene_info.symbol
Colorectal_Genes<-Associated_Colorectal$target.gene_info.symbol
Breast_FitGenes<-intersect(Breast_FitGenes,Breast_Genes) #Breast fitness genes, Tractability group I
Colon_FitGenes<-intersect(Colon_FitGenes,Colorectal_Genes) #Colorectal fitness genes, Tractability group I
######################################################################################################################################################################################################
\ No newline at end of file
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment