Delete Script03.R

Scripts/Script03.R

-######################################################################################################################################################################################################### Expression Analysis:
-#######################################################################################################################
-### Fitnes genes :
-Fitness<-read.csv("./Tables/Table15.csv")
-FitnessGenes<-as.character(Fitness[,1])
-FitnessValues<-Fitness[,2:326]
-# Breast
-Breast<-(c(19,44,70,84,85,87,88,89,91,102,122,169,171,172,173,174,179,225,323,32,86,92,170,307,175)-1)#Indices of Triple-Negative Breast cancer cell lines
-Breast_Fitness<-FitnessValues[,Breast]
-SEL<-which(apply(Breast_Fitness,1,sum)>0)
-Breast_FitGenes<-FitnessGenes[SEL]
-#Colorectal
-LargeIntestine<-(c(28,38,39,40,41,52,80,90,94,95,109,126,157,159,160,161,162,163,176,258,262,290,291,292,293,302,303,304,305,308)-1)#Indices of Colorectal cancer cell lines
-Colon_Fitness<-FitnessValues[,LargeIntestine]
-SEL<-which(apply(Colon_Fitness,1,sum)>0)
-Colon_FitGenes<-FitnessGenes[SEL] 
-######################################################################################################################################################################################################
-## Excluding the Core-essential genes 
-Core_Essential<-read.csv("./Tables/Table5.csv") #List of core essential genes
-CORE_ESS<-as.character(Core_Essential$gene[which(Core_Essential$ADaM_Core==TRUE)])
-Breast_FitGenes<-setdiff(Breast_FitGenes,CORE_ESS) #Excluding the core essential genes
-Colon_FitGenes<-setdiff(Colon_FitGenes,CORE_ESS) # Excluding the core essential genes
-######################################################################################################################################################################################################### Expression Analysis:
-## Excluding the non-expressed genes 
-RNASeq<-read.csv("./Tables/Table3.csv") # Expression profiles of Breast cancer cell lines
-RNAval<-apply(matrix(as.numeric(as.matrix(RNASeq[4:37282,3:17])),nrow=37279,ncol=15),1,sum,na.rm=TRUE)
-breast_NONexpressed<-as.character(RNASeq[(which(RNAval==0)+3),2])
-Breast_FitGenes<-setdiff(Breast_FitGenes,breast_NONexpressed)
-RNASeq2<-read.csv("./Tables/Table4.csv") # Expression profiles of Colorectal cancer cell lines
-colon_NONexpressed<-RNASeq2[which(apply(RNASeq2[,3:27],1,sum,na.rm=TRUE)==0),2]
-Colon_FitGenes<-setdiff(Colon_FitGenes,colon_NONexpressed)
-######################################################################################################################################################################################################breast_set5.2<-read.csv("/Users/rzgar/Desktop/Research/ENCORE_MEETING/BREAST1/Library_Prep/SET5.2.csv")
-## Considering genes with Tractability 1
-Tractability_Breast<-read.csv("./Tables/Table16.csv")
-Tractability_Colorectal<-read.csv("./Tables/Table17.csv")
-
-Breast_FitGenes<-intersect(Tractability_Breast$Symbols[which(Tractability_Breast$Bucket==1)],Breast_FitGenes)
-Colon_FitGenes<-intersect(Tractability_Colorectal$Symbols[which(Tractability_Colorectal$Bucket==1)],Colon_FitGenes)
-######################################################################################################################################################################################################Associated_TNBC<-read.csv("/Users/rzgar/Desktop/Research/ENCORE_MEETING/Associated_TNBC.csv")
-## Considering only the Open Targets associated genes
-Associated_Breast<-read.csv("./Tables/Table1.csv") # Original list of Open Targets Associated Breast cancer genes
-Associated_Colorectal<-read.csv("./Tables/Table2.csv") # Original list of Open Targets Associated Colorectal cancer genes
-Breast_Genes<-Associated_Breast$target.gene_info.symbol
-Colorectal_Genes<-Associated_Colorectal$target.gene_info.symbol
-Breast_FitGenes<-intersect(Breast_FitGenes,Breast_Genes) #Breast fitness genes, Tractability group I
-Colon_FitGenes<-intersect(Colon_FitGenes,Colorectal_Genes)  #Colorectal fitness genes, Tractability group I
-######################################################################################################################################################################################################Associated_TNBC<-read.csv("/Users/rzgar/Desktop/Research/ENCORE_MEETING/Associated_TNBC.csv")