README points at the new config modules

modules/Bio/EnsEMBL/Hive/RunnableDB/LongMult/README

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 #   Bio::EnsEMBL::Hive::RunnableDB::LongMult is an example eHive pipeline.
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 #   Please have a look at the pipeline configuration files
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-#       ensembl-hive/docs/long_mult_pipeline.conf
+#       ensembl-hive/modules/Bio/EnsEMBL/Hive/PipeConfig/LongMult_conf.pm
 #   and
-#       ensembl-hive/docs/long_mult_sema_pipeline.conf
+#       ensembl-hive/modules/Bio/EnsEMBL/Hive/PipeConfig/SemaLongMult_conf.pm
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 #   which are used to load the Long Multiplicaton pipeline in "analysis control" and "semaphore job control" modes respectively.
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+#   Create these pipelines using init_pipeline.pl and run them using beekeeper.pl in step-by-step mode (use -run instead of -loop option).
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