added -gappedextension FALSE to make it faster

misc-scripts/xref_mapping/XrefMapper/Methods/ExonerateGappedBest1.pm

@@ -10,7 +10,7 @@ use vars '@ISA';
 
 sub options {
 
-  return ('--model', 'affine:local', '--subopt', 'no', '--bestn', '1');
+  return ('-gappedextension FALSE', '--model', 'affine:local', '--subopt', 'no', '--bestn', '1');
 
 }
 

misc-scripts/xref_mapping/XrefMapper/Methods/ExonerateGappedBest1_agam.pm

@@ -9,7 +9,7 @@ use vars '@ISA';
 
 
 sub options {
-  return ('--model', 'affine:local', '--subopt', 'no', '--bestn', '1');
+  return ('-gappedextension FALSE', '--model', 'affine:local', '--subopt', 'no', '--bestn', '1');
 }
 
 sub query_identity_threshold {

misc-scripts/xref_mapping/XrefMapper/Methods/ExonerateGappedBest_90_perc_id.pm

@@ -10,7 +10,7 @@ use vars '@ISA';
 
 sub options {
 
-  return ('--model', 'affine:local', '--subopt', 'no', '--bestn', '1');
+  return ('-gappedextension FALSE', '--model', 'affine:local', '--subopt', 'no', '--bestn', '1');
 
 }