Commit 442c1e60 authored by Andreas Kusalananda Kähäri's avatar Andreas Kusalananda Kähäri
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When creating tables, use the "ENGINE=MyISAM" table options rather than

the depricated table option "TYPE=MyISAM".
parent f9b3dc25
......@@ -20,7 +20,7 @@ CREATE TABLE alt_allele (
UNIQUE KEY gene_idx (gene_id),
UNIQUE KEY allele_idx (alt_allele_id, gene_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -67,7 +67,7 @@ CREATE TABLE analysis (
PRIMARY KEY (analysis_id),
UNIQUE KEY logic_name_idx (logic_name)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -85,7 +85,7 @@ CREATE TABLE analysis_description (
UNIQUE KEY analysis_idx (analysis_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -101,7 +101,7 @@ CREATE TABLE dna (
PRIMARY KEY (seq_region_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM MAX_ROWS=750000 AVG_ROW_LENGTH=19000;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM MAX_ROWS=750000 AVG_ROW_LENGTH=19000;
################################################################################
......@@ -125,7 +125,7 @@ CREATE TABLE dnac (
PRIMARY KEY (seq_region_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM MAX_ROWS=750000 AVG_ROW_LENGTH=19000;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM MAX_ROWS=750000 AVG_ROW_LENGTH=19000;
################################################################################
......@@ -153,7 +153,7 @@ CREATE TABLE exon (
PRIMARY KEY (exon_id),
KEY seq_region_idx (seq_region_id, seq_region_start)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -172,7 +172,7 @@ CREATE TABLE exon_stable_id (
PRIMARY KEY (exon_id),
KEY stable_id_idx (stable_id, version)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -193,7 +193,7 @@ CREATE TABLE exon_transcript (
KEY transcript (transcript_id),
KEY exon (exon_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -217,7 +217,7 @@ CREATE TABLE simple_feature (
KEY analysis_idx (analysis_id),
KEY hit_idx (display_label)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
################################################################################
......@@ -250,7 +250,7 @@ CREATE TABLE protein_align_feature (
KEY analysis_idx (analysis_id),
KEY external_db_idx (external_db_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
################################################################################
......@@ -287,7 +287,7 @@ CREATE TABLE dna_align_feature (
KEY external_db_idx (external_db_id),
KEY pair_idx (pair_dna_align_feature_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
################################################################################
......@@ -311,7 +311,7 @@ CREATE TABLE repeat_consensus (
KEY consensus (repeat_consensus(10)),
KEY type (repeat_type)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
#
......@@ -336,7 +336,7 @@ CREATE TABLE repeat_feature (
KEY repeat_idx (repeat_consensus_id),
KEY analysis_idx (analysis_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
################################################################################
......@@ -366,7 +366,7 @@ CREATE TABLE gene (
KEY xref_id_index (display_xref_id),
KEY analysis_idx (analysis_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -385,7 +385,7 @@ CREATE TABLE gene_stable_id (
PRIMARY KEY (gene_id),
KEY stable_id_idx (stable_id, version)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -402,7 +402,7 @@ CREATE TABLE supporting_feature (
UNIQUE KEY all_idx (exon_id,feature_type,feature_id),
KEY feature_idx (feature_type,feature_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
################################################################################
......@@ -419,7 +419,7 @@ CREATE TABLE transcript_supporting_feature (
UNIQUE KEY all_idx (transcript_id,feature_type,feature_id),
KEY feature_idx (feature_type,feature_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM MAX_ROWS=100000000 AVG_ROW_LENGTH=80;
################################################################################
......@@ -450,7 +450,7 @@ CREATE TABLE transcript (
KEY analysis_idx (analysis_id),
UNIQUE INDEX canonical_translation_idx (canonical_translation_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -469,7 +469,7 @@ CREATE TABLE transcript_stable_id (
PRIMARY KEY (transcript_id),
KEY stable_id_idx (stable_id, version)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -492,7 +492,7 @@ CREATE TABLE translation (
PRIMARY KEY (translation_id),
KEY transcript_idx (transcript_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -510,7 +510,7 @@ CREATE TABLE translation_stable_id (
PRIMARY KEY (translation_id),
KEY stable_id_idx (stable_id, version)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -545,7 +545,7 @@ CREATE TABLE assembly (
KEY asm_seq_region_idx (asm_seq_region_id, asm_start),
UNIQUE KEY all_idx (asm_seq_region_id, cmp_seq_region_id, asm_start, asm_end, cmp_start, cmp_end, ori)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -573,7 +573,7 @@ CREATE TABLE protein_feature (
KEY hitname_idx (hit_name),
KEY analysis_idx (analysis_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -589,7 +589,7 @@ CREATE TABLE interpro (
UNIQUE KEY accession_idx (interpro_ac, id),
KEY id_idx (id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -608,7 +608,7 @@ CREATE TABLE karyotype (
PRIMARY KEY (karyotype_id),
KEY region_band_idx (seq_region_id,band)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -632,7 +632,7 @@ CREATE TABLE object_xref (
KEY xref_idx (xref_id, ensembl_object_type),
KEY analysis_idx (analysis_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -657,7 +657,7 @@ CREATE TABLE identity_xref (
PRIMARY KEY (object_xref_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -676,7 +676,7 @@ CREATE TABLE go_xref (
KEY source_idx (source_xref_id),
UNIQUE KEY object_source_type_idx (object_xref_id, source_xref_id, linkage_type)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -703,7 +703,7 @@ CREATE TABLE xref (
KEY display_index (display_label),
KEY info_type_idx (info_type)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -721,7 +721,7 @@ CREATE TABLE dependent_xref(
KEY dependent ( dependent_xref_id ),
KEY master_idx (master_xref_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
#
......@@ -736,7 +736,7 @@ CREATE TABLE external_synonym (
PRIMARY KEY (xref_id, synonym),
KEY name_index (synonym)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -763,7 +763,7 @@ CREATE TABLE external_db (
PRIMARY KEY (external_db_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -788,7 +788,7 @@ CREATE TABLE prediction_exon (
KEY transcript_idx (prediction_transcript_id),
KEY seq_region_idx (seq_region_id, seq_region_start)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -810,7 +810,7 @@ CREATE TABLE prediction_transcript (
KEY seq_region_idx (seq_region_id, seq_region_start),
KEY analysis_idx (analysis_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -829,7 +829,7 @@ CREATE TABLE meta (
UNIQUE KEY species_key_value_idx (species_id, meta_key, meta_value),
KEY species_value_idx (species_id, meta_value)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
# Auto add schema version to database
......@@ -858,7 +858,7 @@ CREATE TABLE marker_synonym (
KEY marker_synonym_idx (marker_synonym_id, name),
KEY marker_idx (marker_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -880,7 +880,7 @@ CREATE TABLE marker (
KEY marker_idx (marker_id, priority),
KEY display_idx (display_marker_synonym_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -901,7 +901,7 @@ CREATE TABLE marker_feature (
KEY seq_region_idx (seq_region_id, seq_region_start),
KEY analysis_idx (analysis_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -920,7 +920,7 @@ CREATE TABLE marker_map_location (
PRIMARY KEY (marker_id, map_id),
KEY map_idx (map_id, chromosome_name, position)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -934,7 +934,7 @@ CREATE TABLE map (
PRIMARY KEY (map_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -953,7 +953,7 @@ CREATE TABLE misc_feature (
PRIMARY KEY (misc_feature_id),
KEY seq_region_idx (seq_region_id, seq_region_start)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -971,7 +971,7 @@ CREATE TABLE misc_attrib (
KEY val_only_idx (value(40)),
KEY misc_feature_idx (misc_feature_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -989,7 +989,7 @@ CREATE TABLE translation_attrib (
KEY val_only_idx (value(40)),
KEY translation_idx (translation_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
#
......@@ -1006,7 +1006,7 @@ CREATE TABLE transcript_attrib (
KEY val_only_idx (value(40)),
KEY transcript_idx (transcript_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1024,7 +1024,7 @@ CREATE TABLE gene_attrib (
KEY val_only_idx (value(40)),
KEY gene_idx (gene_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1042,7 +1042,7 @@ CREATE TABLE seq_region_attrib (
KEY val_only_idx (value(40)),
KEY seq_region_idx (seq_region_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1060,7 +1060,7 @@ CREATE TABLE attrib_type (
PRIMARY KEY (attrib_type_id),
UNIQUE KEY code_idx (code)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1079,7 +1079,7 @@ CREATE TABLE misc_set (
PRIMARY KEY (misc_set_id),
UNIQUE KEY code_idx (code)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1095,7 +1095,7 @@ CREATE TABLE misc_feature_misc_set (
PRIMARY KEY (misc_feature_id, misc_set_id),
KEY reverse_idx (misc_set_id, misc_feature_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1115,7 +1115,7 @@ CREATE TABLE qtl (
PRIMARY KEY (qtl_id),
KEY trait_idx (trait)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1133,7 +1133,7 @@ CREATE TABLE qtl_synonym (
PRIMARY KEY (qtl_synonym_id),
KEY qtl_idx (qtl_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1153,7 +1153,7 @@ CREATE TABLE qtl_feature (
KEY loc_idx (seq_region_id, seq_region_start),
KEY analysis_idx (analysis_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1174,7 +1174,7 @@ CREATE TABLE mapping_session (
PRIMARY KEY (mapping_session_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1197,7 +1197,7 @@ CREATE TABLE stable_id_event (
KEY new_idx (new_stable_id),
KEY old_idx (old_stable_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1221,7 +1221,7 @@ CREATE TABLE gene_archive (
KEY translation_idx (translation_stable_id, translation_version),
KEY peptide_archive_id_idx (peptide_archive_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1238,7 +1238,7 @@ CREATE TABLE peptide_archive (
PRIMARY KEY (peptide_archive_id),
KEY checksum (md5_checksum)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1257,7 +1257,7 @@ CREATE TABLE seq_region (
UNIQUE KEY name_cs_idx (name, coord_system_id),
KEY cs_idx (coord_system_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1281,7 +1281,7 @@ CREATE TABLE assembly_exception (
KEY sr_idx (seq_region_id, seq_region_start),
KEY ex_idx (exc_seq_region_id, exc_seq_region_start)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1303,7 +1303,7 @@ CREATE TABLE coord_system (
UNIQUE KEY name_idx (name, version, species_id),
KEY species_idx (species_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1319,7 +1319,7 @@ CREATE TABLE meta_coord (
UNIQUE KEY cs_table_name_idx (coord_system_id, table_name)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1340,7 +1340,7 @@ CREATE TABLE density_feature (
KEY seq_region_idx (density_type_id, seq_region_id, seq_region_start),
KEY seq_region_id_idx (seq_region_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1359,7 +1359,7 @@ CREATE TABLE density_type (
PRIMARY KEY (density_type_id),
UNIQUE KEY analysis_idx (analysis_id, block_size, region_features)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
......@@ -1389,7 +1389,7 @@ CREATE TABLE unmapped_object (
KEY anal_idx (analysis_id),
KEY anal_exdb_idx (analysis_id, external_db_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
......@@ -1406,7 +1406,7 @@ CREATE TABLE unmapped_reason (
PRIMARY KEY (unmapped_reason_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
################################################################################
#
......@@ -1520,7 +1520,7 @@ CREATE TABLE splicing_event (
KEY gene_idx (gene_id),
KEY seq_region_idx (seq_region_id, seq_region_start)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
CREATE TABLE splicing_event_feature (
......@@ -1539,7 +1539,7 @@ CREATE TABLE splicing_event_feature (
KEY se_idx (splicing_event_id),
KEY transcript_idx (transcript_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
......@@ -1554,5 +1554,5 @@ CREATE TABLE splicing_transcript_pair (
PRIMARY KEY (splicing_transcript_pair_id),
KEY se_idx (splicing_event_id)
) COLLATE=latin1_swedish_ci TYPE=MyISAM;
) COLLATE=latin1_swedish_ci ENGINE=MyISAM;
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